哈尔滨医科大学第二附属医院创建于1954年。是集医疗、教学、科研、预防、保健、恢复健康为一体的大型综合性甲级医院。
医院占地面积50万平方米，建筑面积53万平方米。设有门诊部1个，住院部11个，风湿医院、心血管医院、面容医院、糖尿病医院4个“医院”全院现有职工4534人，其中卫生技术人员4008人，中小学教师930人，博士生导师62人，博士生联合导师2人，硕士生导师346人，享受国务院特殊津贴人员18人，龙江学者7人国杰出青年基金获得者1名，教育部新世纪优秀人才1名，中央“千人计划”入选者1名，青年部千人计划选拔组入选者1名;长江学者1名;1名青年拔尖人才入选中组部“万人计划”。
医院坚持实施好、精密、先进的医疗技术，先后成功完成了心脏移植、肺移植、肝移植、脾移植、肾移植、睾丸移植、心肺移植、胰肾移植甲状腺甲状旁腺胸腺移植、角膜移植、骨髓移植等移植工作，使我院器官移植的类型、技术和质量居全国地位。
作为哈尔滨医科大学第二临床医学院，拥有一级学科博士点3个，二级学科博士点21个，三级学科博士点33个，硕士点现有临床博士后流动站1个，临床药学博士后流动站1个，卫生部研究人员专业培训31个。
近年来，医院加强了内外部环境的改造2008年，新门诊大楼投入使用2012年，新建科研楼、干部病房楼、综合病房楼共17万平方米投入使用建成全科医生培训2.2万平方米，并投入使用。
如今，哈尔滨医科大学第二医院已成为一所学科齐全、设备先进、技术精湛、环境优美的现代化医院和临床医学院。